Seine Musik zeichnet sich durch ein feinsinniges Aushören von Klangfarben sowie durch sein stark harmonisch geprägtes Denken aus. In den letzten Jahren hat sich Marcel Reuter intensiv mit Komponisten wie Luigi Nono, Morton Feldman und Gérard Grisey befasst. Eine weitere Quelle für Marcel Reuters musikalisches Denken ist die Literatur. Die Beschäftigung mit Schriftstellern wie Jorge L. Borges, Samuel Beckett und Emily Dickinson gab seiner Arbeit wichtige Impulse. Ein besonderes Anliegen ist Marcel Reuter, der selbst als Pianist zahlreiche Stücke uraufgeführt hat, die Zusammenarbeit mit Interpreten. Sein Werkkatalog umfasst daher vorwiegend Kammermusikwerke kleinerer Besetzung, die seinem Verständnis von Musik als intimen Kommunikationsmedium entsprechen.

Marcel Reuters Werke wurden bei namhaften Festivals in Europa, Asien und Amerika aufgeführt (Salzburger Festspiele, Wien modern, Gaudeamus Amsterdam, Ars Musica Brüssel, ISCM World Music Days Hongkong, Ojai Festival California, Ciclo de musica contemporanea Buenos Aires) und von Veranstaltern wie Netherlands Vocaal Laboratorium, Wiener Konzerthaus und Lucilin in Auftrag gegeben.